La tercera temporada comenzará a emitirse en Estados Unidos el 17 de septiembre de 2007. Paul Scheuring ha comentado que la tercera temporada dará un giro radical, como lo hizo la temática de la segunda temporada con respecto a la primera, cambiando por completo el concepto de la serie. La tercera temporada comenzará con cuatro de los principales personajes encarcelados en Panamá (Michael, Bellick, Mahone y T-Bag).

La producción de la tercera temporada de Prison Break comenzó el 2 de junio de 2007 y contará con nuevos personajes, se suman al reparto de la serie: Robert Wisdom, Jodi Lyn O-Keefe, Chris Vance y Danay García.