La temporada 6 empieza con Clark atrapado en la Zona Fantasma sin sus poderes y a merced de los delincuentes que su padre envió allí. Martha y Lois llegan al Ártico cerca de la Fortaleza de la Soledad; Chloe y Lionel son atacados en las calles de Metrópolis por una chusma de rebeldes; Lex/Zod y Lana están de pie encima de un edificio y miran como Metrópolis quema a la tierra. Clark consigue un poco de ayuda de una de los ayudantes de Jor-El, Raya (Hutton), dejando la Zona Fantasma. Zod informa a Lana que ella debe darle a él un heredero, o la matara con el resto de la raza humana. Martha encuentra la Fortaleza de Clark, y Jor-El la instruye de cómo matar a Zod. Entretanto, Chloe se encuentra con anterior enamorado Jimmy Olsen (Ashmore), nuevo fotógrafo del Diario el Planeta. Clark vuelve de la Zona Fantasma y confronta a Lex/Zod. Después de una batalla feroz, con Lex/Zod que gana por su mano superior, Clark se inclina para jurar y obedecer o si no él matara a todos los que ama. Clark engaña a Lex/Zod y lo atrapa dentro de la Casa de cristal de "Jor-El" que recibió de Raya. Después de venir a terminar con todos los eventos recientes, Clark comprende que "todo está cambiando" en el mundo que él conoció, y que él debe aprender a encontrar su lugar. También se pone en claro que Clark no era el único que escapo de la Zona Fantasma, cuando un espíritu se ve moviendo saliendo de la Cascada Iguazú.